Deportacja Bułgarów, Greków i Ormian
Deportacja Tatarów nie kończyła operacji "oczyszczania" Krymu z "elementu antyradzieckiego". W końcu maja 1944 r. Beria pisał do Stalina, że NKWD uważa za niezbędne wysiedlenie z półwyspu także Bułgarów, Greków i Ormian. Liczebność tych grup miała wówczas wynosić odpowiednio 12 075, 14 300 i 9 919 osób. Uzasadniając swój wniosek szef NKWD podnosił argumenty podobne, jak w przypadku Tatarów. Oskarżał więc Bułgarów zamieszkałych na Krymie, że w czasie okupacji niemieckiej znaczna ich część aktywnie uczestniczyła w zaopatrywaniu armii niemieckiej w produkty żywnościowe, współdziałała z hitlerowcami w ujawnianiu i zatrzymywaniu żołnierzy Armii Czerwonej i partyzantów oraz wstępowała do oddziałów policyjnych formowanych przez Niemców. Ormianie oskarżeni zostali o współpracę z Niemcami, organizowanie z udziałem emigrantów przybyłych z Niemiec i Turcji komitetów narodowych, które prowadziły działalność antyradziecką, o dążenia do stworzenia niepodległej Armenii, formowanie legionu ormiańskiego do walki z Armią Czerwoną, wreszcie o materialne wspomaganie Niemców i ich armii. Wobec Greków Beria zdołał sformułować jeden tylko zarzut: w okresie okupacji niemieckiej zajmowali się handlem i drobnym przemysłem, a władze niemieckie okazywały im pomoc w tej działalności.
2 czerwca 1944 r. Państwowy Komitet Obrony podjął decyzję uzupełniającą postanowienie o wysiedleniu Tatarów, nakazując deportację z Krymu także 37 tys. Bułgarów, Greków i Ormian jako "niemieckich wspólników". Operacja miała zostać przeprowadzona od 1 do 5 lipca w podobnym trybie jak deportacja Tatarów krymskich. Postanowiono przesiedlić te grupy narodowościowe do obwodów guriewskiego (7 tys. osób), swierdłowskiego (10 tys. osób), mołotowskiego (10 tys. osób), kiemierowskiego (6 tys. osób) oraz do Baszkirskiej ASRR (4 tys. osób). Państwowy Komitet Obrony podejmując tę decyzję równocześnie zarządził wydzielenie odpowiednich środków do jej przeprowadzenia. Określono ilość mąki, kaszy, mięsa, ryb i tłuszczów przeznaczonych na utrzymanie deportowanych w drodze do miejsc osiedlenia oraz ustanowiono stawki dziennego zużycia tych produktów na osobę: 500 g chleba, 70 g mięsa lub ryb, 60 g kaszy, 10 g tłuszczu. Zarazem ustalono przydział produktów żywnościowych dla poszczególnych republik i obwodów, w których deportowani mieli być osiedlani, przyjmując normę na 1 osobę na miesiąc: 8 kg mąki, 2 kg kaszy. 24 czerwca PKO z inicjatywy Berii uzupełnił to postanowienie, nakazując deportację z Krymu mieszkańców narodowości tureckiej, greckiej i irańskiej legitymujacych się przeterminowanymi paszportami tych państw i skierowanie ich na czas wojny do Uzbekistanu. Kontyngent ten objął 3531 osób narodowości greckiej, 105 Turków i 16 Irańczyków.
Kierownictwo operacji z Krymu, zarządzonej postanowieniem z 2 czerwca, znowu objął Sierow. 27 czerwca zakomunikował on Berii, że deportacja została rozpoczęta tego dnia o świcie i do godz. 16 na stacje kolejowe dowieziono już 27 tys. osób. Następnego dnia operacja została "pomyślnie zakończona". Wysiedlono 41854 osoby: 15040 Greków, 12422 Bułgarów, 9621 Ormian, a także 1119 Niemców i 3652 poddanych innych państw (Greków, Turków, Irańczyków). Podstawowa masa deportowanych (Bułgarzy, Grecy i Ormianie w łącznej liczbie 38802 osób) skierowana została do północnych obwodów Rosyjskiej FSRR (kiemierowskiego, kostromskiego, mołotowskiego, kirowskiego i swierdłowskiego oraz do Baszkirskiej ASRR i Mari ASRR) i do obwodu guriewskiego w Kazachstanie, natomiast wspomnianych 3652 cudzoziemców osiedlono w obwodzie fergańskim w Uzbeckiej SRR.